Úlohu Národného orgánu v programe plní Ministerstvo investícií, regionálneho rozvoja a informatizácie Slovenskej republiky. Je zahraničným partnerom riadiaceho orgánu, ktorý podporuje riadiaci orgán v koordinácii aktivít spojených s programom v Slovenskej republike a je zodpovedný za zasielanie platieb zo štátneho rozpočtu slovenským partnerom.