Úlohu Orgánu auditu plní prezident Finančnej správy na Ministerstve financií Poľskej republiky. Orgán auditu je podporovaný Skupinou audítorov, zloženej zo zástupcov Ministerstva financií Slovenskej republiky. Orgán auditu nesie zodpovednosť za vykonávanie auditov čerpania európskych prostriedkov.