Pred zaslaním žiadosti o platbu pre projekt vedúcim partnerom na SpS, výdavky vzniknuté v projekte u jednotlivých partnerov (vrátane vedúceho partnera) sú posudzované a potvrdené nezávislými vnútroštátnymi kontrolórmi menovanými členskými štátmi podľa čl. 46 nariadenia EÚS.
Tak v Poľsku ako aj na Slovensku, funguje centralizovaný systém kontroly, t.j. boli určené verejné orgány alebo inštitúcie na centrálnej úrovni, ktoré boli poverené vykonávaním kontrolných úloh.
V Poľsku funkciu kontrolórov vykonávajú: vojvoda Malopoľský, vojvoda Podkarpatský a vojvoda Sliezsky. Pravidlom je, že kontrolór kontroluje tých partnerov, ktorí majú svoje sídlo na území vojvodstva, v ktorom úlohu kontrolóra vykonáva príslušný vojvoda.
V Slovenskej republike úlohu kontrolóra vykonáva Odbor programov cezhraničnej spolupráce na Ministerstve investícií, regionálneho rozvoja a informatizácie Slovenskej republiky