Za riadenie a implementáciu programu Interreg Poľsko – Slovensko je zodpovedný Riadaci orgán, nachádzajúci sa v organizačnej štruktúre Ministerstva fondov a regionálnej politiky Poľskej republiky. Okrem iného je zodpovedný za vypracovanie programových dokumentov, ich aktualizáciu, vykonávanie hodnotení, podpisovanie zmlúv o poskytnutí finančných príspevkov s prijímateľmi a dodatkov k týmto zmluvám, posudzovanie sťažností týkajúcich sa implementácie zmluvy o poskytnutí finančného príspevku, úhradu platieb v prospech prijímateľa. Riadiaci orgán plní zároveň funkciu Certifikačného orgánu.