jest to niezależny organ powołany przez państwa uczestniczące w programie (Rzeczpospolita Polska i Republika Słowacka) w porozumieniu z instytucją zarządzającą w celu monitorowania wdrażania programu.
Do głównych zadań Komitetu Monitorującego należą między innymi: zatwierdzanie dokumentów programowych oraz kryteriów wyboru projektów, wybór projektów do dofinansowania, rozpatrywanie skarg dotyczących wyboru projektów, monitorowanie postępu wdrażania Programu. Więcej informacji na temat Komitetu Monitorującego znajduje się na stronie Komitet Monitorujący.